科研中科院北京生科院：肠型的确定性转变在婴儿早期就塑造了肠道微生物群（国人佳作）

　　型相干的微生物互相感化我们随后丈量了与4种肠，的能够缘故原由和趋向以探究肠型转换。感化的差别（附加文件1：图S8B）物种层面的共生收集提醒了细菌互相，比E1和E2更不变的可托度加强了E3和E4的群落构造。收集中在这些，出弱的细菌互相感化E1和E2都显现，分类群互相别离它们的大大都。而然，和E4中在E3，用更加频仍其互相作，为亲密（卡方查验物种之间的联络更，001）P＜0.。在E4中出格是，evotella为中间的松散的集群几个物种构成了一个以普雷沃氏菌Pr，群落构造的不变这能够有助于其，微生物群的成熟并增进婴儿肠道。的是风趣，中拟杆菌Bacteroides的增长与它们响应的噬菌体的品貌变革有关我们还发明E2中双歧杆菌Bifidobacterium的削减和E3，节肠型细菌过渡时期的品貌这表白噬菌体能够到场调。

　　道细菌的工夫序列变革我们经由过程丈量婴儿肠，肠型的颠簸历程进一步跟踪了，解晚期发育过程当中微生物的变革状况这有助于我们从准确的工夫标准上了。样本作为潜伏的滥觞将前一个工夫点的，各肠型的微生物滥觞猜测后一个工夫点。型都有差别的形式（图3C）泉源追踪的成果显现每种肠。生物导入E1的微生物比例十分小我们发明来自其他3种肠型的微。反相，自E1和E2的细菌E3承受了大批来。型的过渡相分歧这类趋向与肠，他肠型的微生物滥觞提醒E1多是其。外此，其他肠型的微生物E3含有最多来自，生物库的职位从而表白其微。到E2和E3的传布频次有限虽然我们察看到微生物从E4，和E2比拟但与E1，播的多发率（图3BE4中微生物自我传，）C，其不变性加强了，了其成熟从而表示。

　　A所示如图2，年齿巨细不管婴儿，家之间的差别（方差阐发查验肠道微生物群的差别弘远于国，为4.65%肠型的R2，为2.88%国度的R2，001）P＜0.。来讲详细，明显的国度特同性菌种在本研讨中没有察看到，是由天文身分间接酿成的这表白肠型的分层能够不。反相，型特同性物种我们发明了肠，细菌奉献者亲密相干并与每一个肠型的次要，儿的年齿而变革（图2B）虽然这些菌种的品貌随婴。果表白这一结，种程度上即便在菌，以明白辨别开来差别的肠型也可，生物群的开展中在婴儿肠道微，肠型相干的主要身分年齿多是一个与。

　　婴儿肠道微生物群分化的缘故原由为了提醒差别年齿和国度的，上阐发了微生物群我们在菌种程度。取共同的标识表记标帜基因从每一个样品中提，停止比对并对其，富的菌种的体系发育树以构建前10个最丰，统计（附加文件1：图S7）然后对每一个树的亚支系停止。同发育阶段、差别肠型、差别国度的体系发育树为例（图2C-E）以长双歧杆菌Bifidobacterium longum不。意的是值得注，生物群的晚期发育阶段精确相干归入E1和E2的菌株与肠道微，菌群发育前期阶段相干（图2C而来自E3和E4的菌株则与，D，查验卡方，001）P＜0.。理情况关于地，性要弱很多间接的相干。哪一个国度不管来自，常常具有不异肠型的菌株属于不异发育阶段的婴儿。一国度的菌株关于属于同，阶段平行（图2C-E）肠型的变革与婴儿的发育。间的强相干性表白肠型与发育阶段之，分层起偏重要感化年齿身分对肠型的。映了这些国度婴儿发育阶段的差别肠型的天文分层在必然水平上反。

　　，变不只在分类上是一个配合的趋向从E1和E2向E3和E4的转，也是一个配合的趋向并且在功用程度上。

　　诞生后前3年的天文散布为了研讨婴儿微生物群在，中的4种肠型停止了分类我们随后对差别国度生齿。型天文分层（卡方查验我们察看到了较着的肠，1）（图1EP 0.00，：图S6）附加文件1。如例，中国度在开展，、南非、秘鲁和巴西如印度、孟加拉国，前3年遍及存在E2在性命的。之下比拟，兴旺国度北欧的，和爱沙尼亚等如芬兰、挪威，acteroides为主的E3在大部合作夫都显现出以拟杆菌B。理上的差别外除这些地，间的推移跟着时，的肠型改变趋向还存在着较着。如例，芬兰在，儿的生长跟着婴，大比例的E3所代替（图1E）晚期存在的E1和E2疾速被较，改变之间有很强的联系关系性这表白发育阶段和肠型的。的国度在差别，特性和肠型偏好的差别表白每种肠型的呈现窗口和群落，能够处于差别的发育阶段这些婴儿的肠道微生物群，同的成熟水平从而代表了不。

　　01名中国足月安康的重生儿本研讨从一项行列中招募了1，2和18个月时的粪便样本搜集了他们在诞生、6、1，来研讨他们的微生物群落构造然后利用宏基因组测序手艺。粪便样本的宏基因组或16S rRNA测序数据集我们还从19个大众行列中检索了重生儿和婴儿纵向，得了1统共获,6月龄婴儿的13956个1-3,微生物组数据集776个粪便，效应校订后停止阐发颠末质量掌握和批次，包罗7个工夫点每一个个别均匀。了六大洲的17个国度这个兼并的数据集笼盖，欧洲、澳大利亚和非洲（图1A包罗亚洲、南美洲和北美洲、，：表S1）附加文件1。

　　。阐发了肠道微生物群的特性我们按照肠型和生态模子。信息（n = 2我们整合了临床,差别发育形式的成果287）以便理解。Firmicutes和双歧杆菌我们发明肠道微生物群以厚壁菌门。球生齿的天文相干形式我们进一步提醒了全。模和功用阐发经由过程生态建，成人的改变遵照一种肯定性的形式我们证实了肠道微生物群从婴儿到；儿的生长跟着婴，谢路子的改动跟着特定代，cutes和双歧杆厚壁菌门Firmi菌

　　菌株程度的联系关系形式的肠型图2 菌种程度的抱病率和。劣势种的工夫散布（n=1A. 4种肠型前24种,5）16，物种的相对品貌成反比每一个圆圈的巨细与每一个。 0.2的物种仅显现相对品貌;ifidobacteriumspp.的相对品貌随工夫变革B. 拟杆菌Bacteroidesspp.和双歧杆菌B，合线%置信区间暗影地区暗示拟;差别菌株的体系发育树别离用发育阶段（C）、肠型（D）和国度（E）暗示C - E. 长双歧杆菌Bifidobacterium longum，代表一个婴儿的特定菌株体系发育树中的每一个节点;与发育阶段的菌株程度相干联F. 前10个劣势种的肠型，富含该肠型的菌株数目每一个峰和条的高度暗示。段之间有明显的相干性（卡方查验右侧的白色星号暗示肠型和发育阶，001）P0.;0种物种在体系发育树中的聚类接远程度G. 会萃指数（AI）定量阐发前1，值越高AI，菌株之间的体系发育干系越亲密表白统一类群（肠型或国度）的;支中差别肠型或国度的饼状图H. 代表菌种前5个亚分。

　　微生物群和婴儿的年齿和天文散布为了进一步形貌性命晚期阶段的肠道，卢森堡、意大利和美国）的1我们按照4个国度（中国、,因组测序材料165份宏基，或菌株程度的相对品貌比力了4个肠型中菌种。

　　物群中差别肠型的转换为了量化性命晚期微生，法来模仿肠型转换几率（图3B）我们利用了基于马尔科夫链的方。肠型过渡的高频次E1显现出向其他，率（0.22）比拟与它的自我过渡概，高（别离为0.37和0.39）向E2和E3的转换的几率相对较。内消逝的次要缘故原由（图3A）这多是E1在诞生后2年。外此，渡的趋向（0.38）E2表示出向E3过。个缘故原由因为这，后第一年的大大都婴儿虽然E2对应于诞生，二年开端但从第，超越了E2E3的数目，导职位（图3A）占婴儿群体中的主。和E3上升的缘故原由（附加文件1：图S5B）它们各自的肠型细菌品貌的变革也是E2降落。在将来的过渡和开展为了估量这4种肠型，个随机丛林模子我们施行了一，30至60天其最小间隙为。察看据，过渡是能够猜测的性命晚期肠型的，于0.8AUC大，和普雷沃氏杆菌Prevotella）在这类猜测中阐扬了枢纽感化（附加文件1：图S8A）三种肠型的细菌（拟杆菌Bacteroides、双歧杆菌Bifidobacterium。了我们的假定这一成果撑持，熟阶段到成熟阶段的枢纽途径即肠型之间的转换是从不成。

　　E2到E3/E4 组中的品貌跟着年齿的增加而低落L-鸟氨酸生物分解和L-精氨酸生物分解在 E1/，组中则增长但在另外一。关的代谢路子中察看到相反的趋在与磷酸盐生物分解和糖酵解有势

　　外此，和年齿特同性形式（图5B）代谢路子显现出较着的肠型。链氨基酸生物分解的多种代谢路子E1缺失了精氨酸生物分解和支。相反与此，E2的所丰年龄组中都富集这些氨基酸生物分解路子在。的代谢路子是类似的在E3和E4中富集，分支酸盐、磷酸泛酸和喹啉的生物分解此中大部门触及糖酵解、淀粉降解和。

　　年来近，静态变革被人们高度会商婴儿肠道内微生物群落的。研讨中在这项，7个国度的10我们对逾越1,向粪便样本停止了阐发000多个重生儿纵，最多的婴儿肠道微生物群阐发了迄今为止生齿数目，的肠型停止了聚类并初次对4种妥当。显现成果，个都是极端差别的这些肠型中的每，的细菌驱动不只由差别，育的差别阶段有关并且还与晚期发。外此，到了与天文相干的肠型形式我们在环球人群中还察看。阐发进一步表白我们的菌种程度，肠道微生物群的差别发育阶段有关差别国度的肠型分层能够与婴儿。清楚明了婴儿肠道微生物群从不成熟到成熟阶段的开展趋向本研讨中察看到的明白的肠型转换和响应的功用变革说。

　　临床身分的主要性一些研讨还夸大了，期的母乳豢养挑选如怀胎期和性命早。研讨中在这项，群的成熟度比足月儿的要晚很多我们证明早产儿的肠道微生物。大众研讨的信息因为缺少来自，有2只,归入多变量阐发中287个样本被。身分与肠型盛行率之间的联系关系虽然在本研讨中察看到了临床，NOVA阐发中但在PERMA，群的影响要弱很多它们对肠道微生物。揣测我们，能是因为个别差别酿成的两种阐发之间的不合可，对肠道微生物群影响很大由于天文情况和婴儿年齿，其他身分的影响这能够袒护了。外此，产儿是剖腹产因为大大都早，乳豢养用母，的联系关系能够归因于早产的影响我们在单变量阐发中察看到。

　　征与工夫和天文散布有关图1 4种婴儿肠型的特。利用的13A. 研讨,（上）和工夫（下）抱病率776份粪便样本的天文;离和PAM算法肯定了诞生后3年的4个肠型B. 操纵Jensen-Shannon距。90%的肠型组样本彩色的椭圆笼盖了。便样本的坐标估量的部分密度蓝色的云（左）暗示按照粪。肠型的次要细菌的相对品貌右侧的箱线图显现了每种;生后前3年的盛行状况C. 每种肠型在出；年的微生物群年齿D. 基于头3，的纵向开展表示微生物群成熟；肠型的工夫和天文散布E. 17个国度差别。

　　生物群发育之间的相干性为了考证肠型与肠道微，型联系关系形式（附加文件1：图S7）我们进一步肯定了其他菌种中的肠。rium longum的察看成果分歧与长双歧杆菌Bifidobacte，与天文身分的联系关系强很多（图2F肠型与发育阶段的联系关系要比肠型，）G。tella主导的肠型比其他两种肠型表示出更成熟的形式由拟杆菌Bacteroides和普雷沃氏菌Prevo，熟度差别而被分别为差别的肠型（图2H）而统一国度的菌株因为肠道微生物群的成，应于婴儿肠道微生物群的差别发育阶段这表白差别国度之间的肠型分层能够对。

　　相干的代谢才能的分化和改变图5 与婴儿肠道菌群发育。性矩阵的功用基因品貌t-SNE嵌入（n=1A. 基于Bray-Curtis差别类似,5）16;命的前两年B. 在生，明显的分化代谢路子4种肠型的30个最。相对品貌分层会萃的途径是按照它们的；在通路途度上的均匀品貌C. 每一个明显分化模块，关的9个代表性物种绘制了与4个肠型相;与肠型改变（从E2到E3）相干的功用特性变革D. 一位美国婴儿（受试者TT0132A），分化水平最高的路子图中列出了前20种;3/E4）肠型之间的4种代表性代谢路子中E. 在不成熟（E1/E2）和成熟（E，发明的相反的趋向跟着工夫的推移。成为两个亚组婴儿被分层，线的婴儿此中红，的婴儿蓝线。工夫点的响应路子的品貌每一个点代表一个婴儿一个。5%的置信区间暗影地区暗示9。

　　微生物群的开展历程为了探究晚期肠道，将1我们,上工夫点的婴儿）分层为9个年齿组336名婴儿（仅归入只要3个以，为一距离每4个月，龄段的肠型改变以肯定差别年。A所示如图3，一种常见的肠型改变趋向在全部期间内都存在着。在诞生后的第一年最频仍的改变呈现。时期在此，52.17%）转向E2超越一半的E1婴儿（，2（9.12%）的受试者过渡到E3一些从前属于E1（9.24%）和E。而然，快就减速了这类改变很。二年在第，得愈加不变微生物群变，%）没有肠型间的改变超越一半的婴儿（56，三年在第，79.6%该比例高达。

　　前3年的工夫静态变革图3 4种肠型在性命。组中4种肠型的改变（n = 13A. Sanky图显现了9个年齿,6）77。或肠道间转换的婴儿数目成反比每一个流图的宽度与阅历肠道内。组婴儿的数目成反比每一个柱子的高度与每。和肠道间转换变乱的数目框中总结了前3年肠道内;率与主体无关的马尔可夫链B. 4种肠型间转移概，移几率的最大似然估量成反比此中箭头权重与差别形态间转。肠型中受试者的数目节点巨细暗示每一个。.2的过渡几率只显现大于0;幼儿肠道菌源追踪C. 各工夫点婴。为是后一个工夫点的潜伏滥觞前一个工夫点的肠型样本被认。种肠型的差别微生物滥觞每种色彩的地区暗示每。示未知滥觞灰色地区表；微生物群落的影响的两步法式D. 评价随机性对婴儿肠道。TI）和Raup Crick指数（RCI）起首计较每一个群落的β-近来分类群指数（βN。后然，I0.95的样本频次来肯定随机率用每月中β-NTI 2和RC；工夫变革和每一个肠型的随机率E. alpha多样性的。n指数的alpha多样性红线暗示基于Shanno，计的随机率蓝线D估。5%的置信区间暗影地区暗示9。

　　对婴儿发展发育的潜伏感化为了评价肠型分化和过渡，种肠型的功用变革（n = 1我们按照宏基因组数据阐发了4,5）16。期的那样正如预，分红了差别的群组（图5A）这4种肠型在功用基因程度上。的阐发分歧与我们从前，基因谱上较着类似E3和E4在功用，差别的劣势菌虽然它们具有。2不同很大E1和E，表示出差别的功用这表白这两种肠型，于性命晚期阶段虽然它们都对应。

　　研讨中在本，个国度的多生齿行列我们基于笼盖17，1-3岁婴儿的13利用了1965名,向粪便样本776份纵，和定量的肠型阐发提出了一项片面，婴儿到成人的成熟状况以分析肠道微生物群从。集和基于肠型的微生物组阐发本研讨操纵极端宏大的数据，肠道菌群的定植和改变历程从一个新的角度解读了婴儿。差别发育阶段相干4种肠型与婴儿，的时空散布特性并表示出较着。模子来估量肠型改变的趋向我们初次引入了一个生态，改变是肯定性和可猜测的并证实了婴儿肠道菌群的。

　　生物群静态的其他身分为了肯定能够影响微，得到的内部临床身分我们阐发了本研讨中。味的是耐人寻，（母亲的孕龄、临蓐方法）的影响性命晚期肠型的改变既不受产前，）的影响（附加文件1：表S3）也不受产后身分（母乳豢养工夫。

　　曾经证实以上成果，差别的功用有关差别的肠型与，儿的生长跟着婴，变成E3和E4E1和E2转。每一个个别的纵向样本我们接下来查抄了，代谢变革之间的联系关系以探求肠型改变和。三个采样工夫点的婴儿我们只挑选了最少有，肠型改变的婴儿并解除了没有。组测序样本的婴儿中在257个有宏基因，下来停止下流阐发119个被保存。代谢功用之间的明显的同步干系（t查验险些一切这些婴儿都显现出肠型的改变和，（附加文件1：图S11）调解后的P 0.05）。如例，0132A中在婴儿TT，基咪唑核糖核苷酸）的相对品貌在E2改变为E3时从第133天到205天急剧降落很多氨基酸生物分解路子（L-精氨酸和L-异亮氨酸）和核苷酸生物分解（5-氨，物分解）的相对品貌表示为逐步上升（图5D）而与E3相干的路子（淀粉降解和二酰甘油生。

　　年提出以来不断存在争议肠型的观点自2011。成年人的肠型停止的很多查询拜访都是针对，研讨却很少而对婴儿的。个次要攻讦定见是研讨职员提出的一，个别的离散形态肠型不是别离。而然，研讨中在本，成人的肠型聚类愈加妥当和分歧我们察看到婴儿的肠型聚类比，的简朴性和晚期影响身分有限这多是因为肠道微生物群。研讨发明从前的，存在较着的停滞成人肠型之间，Prevotella-主导的群落之间存在较着的屏蔽出格是在拟杆菌Bacteroides-和普雷沃氏菌。差别的是与成人，型很懦弱婴儿的肠，另外一品种型常常会转向。儿正在阅历的发展和心理发育历程这类肠型间的转换多是因为婴，部身分和外，的饮食等如差别。年齿的增加而不变下来这类频仍的改变跟着，从婴儿到成人的成熟历程从而表白肠道微生物群。的处置办法差别因为差别研讨，阐发中在聚集，不成制止的批量效应是。而然，的研讨中在我们，察到研讨特定的肠型在聚类过程当中没有观，聚类与研讨无关这表白肠型的。

　　一步发明我们进，a在诞生背面几年的品貌相对较低普雷沃氏菌Prevotell，a的肠型直到诞生后第2年才呈现普雷沃氏菌Prevotell。一项研讨的撑持这一发明获得了，菌Bacteroides肠型的呈现晚很多该研讨提到普雷沃氏菌肠型的呈现要相比杆。化合物相干路子表白其性状愈加成熟普雷沃氏菌的厌氧特征和庞大的碳水，呈现较晚的缘故原由这多是该肠型。中盛行率较低（第2年为13%因为普雷沃氏菌在我们的研讨，6.2%）第3年为，的数据集时在利用完好，三种更丰硕的肠型所袒护普雷沃氏菌肠型被其他，）被毛病地归入E3（拟杆菌Bacteroides肠型）此中大大都该当被归入普雷沃氏菌肠型的样品（72.9%。而然，样本停止采样来对肠型停止聚类假如我们经由过程对每一年不异数目的，种采样范围不管挑选何，到4种差别的肠型都能够分明地察看。以至宏基因组数据集时在利用差别的聚类办法，果是可反复的这类聚类结。衡对肠型聚类的主要性这些成果夸大了采样平。外此，肠型的阐发发明先前对学龄儿童，成人的肠型比拟与其他两个相似，rium的基因数目和多样性最低双歧杆菌Bifidobacte，um肠型的逐步削减与婴儿肠道微生物群的发育有关进一步证实双歧杆菌Bifidobacteri。

　　据集和基于肠型的微生物组阐发结论：经由过程操纵极端宏大的数，儿的肠道微生物群的定植和改变我们从一个新的角度解读了婴。学模子来估量肠型改变的趋向我们进一步引入了一个生态，改变是肯定性的和可猜测的并证实婴儿肠道微生物群的。

　　ANOVA阐发（n=2然后我们停止了PERM,7）28，能够影响肠道微生物群发明虽然多种临床身分，和天文身分比拟但与婴儿年齿，多（图4A）其影响要弱得，在晚期阅历了快速的改变表白婴儿肠道的细菌群落，中起了相当主要的感化发育阶段在这个历程。盖了肠道微生物群的特性思索到个别差别能够掩，床身分和肠型之间的联系关系我们随后别离讨论了临。E1型的婴儿中在一切聚类为，产临蓐的（59.4%超越一半是经由过程剖腹，何查验超几，001）P＜0.。反相，范例的婴儿中在其他三种，绝大大都（超多少查验经由过程阴道临蓐的婴儿占，001）P＜0.，9.3%E2为5，9.6%E3为8，9%（图4B）E4为78.。察看到了这类不合在属的层面上也，bacterium或Bacteroides细菌属主导（附加文件1：图S9A）剖腹产和阴道临蓐婴儿的肠道微生物群别离由属于厚壁菌门的细菌属和Bifido。外此，（Wilcoxon查验E1型婴儿的胎龄最低，1）（图4C）P 0.00。显（附加文件1：图S9B）这类趋向在早产儿中更加明，个月中在前3，E3的婴儿多2-5倍（图4D）会萃在E1的婴儿比会萃在E2和。工夫也有相干性肠型与母乳豢养；天）的婴儿常常富含E1和E2（图4E）母乳豢养工夫短（60天）或长（300。物群的影响很弱（图4A）虽然临床身分对肠道微生，盛行率之间存在着联系关系但这些身分与肠型的。

　　和丰硕性将婴儿的晚期发育分为三个差别阶段TEDDY研讨按照肠道微生物群的多样性。份粪便样本经由过程一万多，素对晚期发育的影响他们夸大了情况因，过程当中的主要感化出格是母乳在这一。如许的分别根本分歧我们研讨的成果与，命的最后几年这意味着在生，群频仍颠簸肠道微生物，生儿的发育而跟着新，会逐步消逝这类颠簸。外此，才能不竭进步氨基酸的代谢，s在婴儿肠道成熟过程当中的主要感化和拟杆菌Bacteroide，察看成果分歧也与他们的。而然，一个新发明是我们研讨中的，分层的天文相干形式我们察看到了肠型，7个国度的多生齿行列由于我们包罗了笼盖1。外此，微生物群的改变供给了一个新的视角我们的研讨为晚期发育过程当中肠道。群从不成熟到成熟（附加文件1：图S13）这类决议性和可猜测的过渡增进了肠道微生物。歧杆菌Bifidobacterium优先定植TEDDY研讨中婴儿的肠道微生物群的特性是双，研讨表白而我们的，主的阶段之前在双歧杆菌为，micutes为主的阶段有一个较早的厚壁菌Fir，早产婴儿中出格是在，成熟亲密相干这与菌群不。

　　曾经证实因为我们，向更成熟的肠型（E3、E4）过渡的趋向不太成熟的肠型（E1、E2）有较着的，的缘故原由成绩有待处理了解这类过渡背后。探究每一个肠型的内部驱动力我们利用一个生态模子来，态的潜伏身分（图4D）以分析影响微生物群落动。E所示如图3，肠型中在4种，与婴儿年齿增加呈正相干肠道微生物群的α多样性，管速率差别这表白尽，都在逐步成熟但一切肠型。而然，率（~90%）相对不变E1和E2的随机性比，4（16-78%）较着高于E3和E。龄的增长跟着年，和E4（从78.3％到33.3％）中在E3（从75.3％到16.1％），率急剧降落随机性比，受肯定的挑选所安排这意味着这些肠型，定的群落构造显现出更稳。

　　解这4种肠型为了更好地了，诞生后前3年的工夫散布并探究婴儿肠道菌群在，的呈现阶段（图1B我们肯定了每种肠型，C，图S5A-B）附加文件1：。1（E1关于肠型，=3n,2）06，（附加文件1：图S5A-B）其劣势菌在属的程度上有所差别。之下比拟，（E2肠型2，=5n,和3（E3264），=5n,cterium和拟杆菌属Bacteroides为代表052）别离由相对高品貌的双歧杆菌属Bifidoba，能够不竭地被察看到并在性命的前3年中。revotella为主（E4肠型4以厌氧型普雷沃氏菌P，98）n=3，后第2年才呈现而且直到诞生。现阶段外除出，的群落特性随工夫变革我们还发明每种肠型。发育过程当中虽然在晚期，成熟度方面都显现出增长趋向4种肠型在多样性和微生物，后的第一年但在诞生，α-多样性和更大的微生物成熟率（图1DE3和E4比E1和E2表示出相对更高的，：图S5C附加文件1，xon查验Wilco，001）P＜0.，生物群的一个初级发育阶段这能够代表了婴儿肠道微。

　　一个奉献是本研讨的另，型来估量肠型转换的趋向我们引入了一个生态学模。态学观点一些生，TD）和Raup-Crick襟怀如β-均匀近来分类群间隔（βMN，很多天然生态体系已被普遍使用于。用于肠道微生物群落我们将这一模子应，肠型（E1和E2）中发如今性命晚期的两个，阶段连结较高的程度随机率在全部性命，两个肠型中而在别的，的增加而急剧降落随机率跟着年齿。表白其无序性和不不变性鉴于群落中的高随机率，的前3年中从E1和E2转向E3和E4的趋向随机性和对差别肠型挑选的模子注释了在性命。关的功用特性证明与这类肠型改变相，儿的发育跟着婴，肯定的代谢改变4种肠型显现出，微生物群的构成从而改动了肠道，变成相似成人的成熟阶段察看到的构成即从未成熟的儿童期察看到的构成转。而然，同阶段和差别行列中的感化为了理解肠道共生体在性命不，分辩率的研讨需求更高的，和更频仍的采样数据如更长的标准跨度。以外除此，与差别的发展形式相干受试者的安康情况应，同群体的开展成果以肯定性命晚期不。

　　后然，路子的细菌奉献者我们辨别了富集，ifidobacterium（附加文件1：图S10）发明E2中富集的氨基酸生物分解次要归因于双歧杆菌属B。外此，能特性奉献最大的细菌类群（图5C）我们比力了性命前两年对4种肠型的功。集的代谢模块中在第一年明显富，双歧杆菌Bifidobacterium breve数目最多长双歧杆菌Bifidobacterium longum和短，cteroides vulgatus所代替第二年明显富集的代谢模块被一般拟杆菌Ba。察看到的趋向分歧这与肠型转换中，婴儿中占劣势即E2最后在，超越（图3A）但厥后被E3。

　　献形貌的办法按照先前文，量人群（n=13我们对本研讨中大,型停止了分类776）的肠。出了4种肠型（图1B经由过程微生物图谱阐发得，1：图S1附加文件，2）表S，um、拟杆菌Bacteroides和普雷沃氏菌Prevotella的细菌属此中属于厚壁菌门Firmicutes、双歧杆菌Bifidobacteri，型1至4主导肠。可以不变地聚类（附加文件1：图S2至S4）这些肠型在差别的样本巨细和差别的数据集合，群中肠型聚类的牢靠性表白婴儿肠道微生物。

　　两组：“E1/E2到E3/E4”组（n=53）我们最初将阅历不变过渡的婴儿（n=61）分为，或E2开端他们从E1，段转向E3或E4在生长的一个阶；/E2”组（n=8）“E3/E4到E1，中表示出相反标的目的他们在肠型过渡。差别的路子中（图5B）在肠型之间的32条较着，不合（附加文件1：图S12）有14条路子在这两组之间呈现。如例，